生物信息学筛选骨肉瘤关键基因ITGA3及差异表达验证

摘要：

目的:生物信息学分析筛选出骨肉瘤关键基因,探讨骨肉瘤潜在分子标记物.方法:从GEO数据库中下载GSE14359、GSE16088、GSE16091 3个数据库集,利用R语言"SVA"软件包进行合并;差异分析利用R语言"limma"软件包进行分析,并对差异基因运用R语言"clusterProfiler"进行GO和KEGG富集分析.随后,对最显著富集的KEGG通路基因进行筛选出最关键的Top5基因并进行生存分析,筛选对预后具有影响意义的关键基因,然后运用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证最关键基因的差异性表达.结果:通过数据合并共得到12 547个基因的数据集,分析出723个表达基因有差异;差异基因的KEGG富集最显著通路是PI3K-Akt信号通路,并且该通路的排名前5的关键基因为ITGA3、ITGA4、ITGAV、COL1A1、COL1A2.排名前5的关键基因中,与ITGA3低表达组比较,ITGA3高表达组生存预后较好(P＜0.05),在143B、MNNG、U2OS 3个骨肉瘤细胞系中ITGA3相对表达量低于正常成骨细胞系hFOB1.19(P＜0.01).结论:ITGA3在骨肉瘤中呈现出低表达,这可能成为预测骨肉瘤患者预后的潜在生物标记物.

关键词：骨肉瘤、ITGA3、GEO

所属期刊栏目：39

分类号：R738.1(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;广西科技基地和人才专项资助项目;广西医科大学青年科学基金资助项目

在线出版日期：2022-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：769-774