基于生物信息学筛选并验证上皮性卵巢癌差异microRNA及下游mRNA

摘要：

目的:利用生物信息学对上皮性卵巢癌(EOC)的差异microRNA及其靶基因进行筛选及分析,探索EOC诊断及预后相关的潜在生物标志物.方法:本研究首先从GEO数据库(gene expression omnibus database)筛选符合条件的数据集,用limma包筛选差异microRNAs,用在线miRNet、TargetScanHuman、miRDB预测其下游靶基因,并利用 WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析.最后用GEPIA2数据库对关键基因的表达与患者进展之间的关系进行分析.结果:经过筛选后,从GEO数据库获得8个microRNAs,与对照组相比,hsa-miR-4328、hsa-miR-450b-5p在EOC中表达上调,hsa-miR-3616-3p、hsa-miR-4283、hsa-miR-1208、hsa-miR-3180-3p、hsa-miR-617 和 hsa-miR-1207-3p 在 EOC 中表达下调.通过3个在线网站获取差异microRNAs对应的下游靶基因,主要涉及biological regulation,membrane-enclosed lumen,protein binding等过程,主要富集于phosphatidylinositol signaling system,neurotrophin signaling pathway 等信号通路.利用 GEPIA2发现高表达MLLT6[HR(high)=1.3]、TIAM2[HR(high)=1.3]的EOC患者较低表达患者的生存率低(P＜0.05).还发现MLLT6、MSI1、PKMYT1、PLAGL2、ZNF514、FBXW7、GLCCI1、MFSD6、OCRL、PIP4K2B、SLC6A9与EOC疾病分期相关.通过RT-qPCR检测,发现与正常卵巢组织相比,MLLT6在EOC组织表达下调(Z=-2.602,P＜0.05),其上游的hsa-miR-450b-5p在EOC组织中的表达上调(Z=-3.071,P＜0.05).结论:MLLT6可能与EOC的发生发展密切相关,且可作为提示EOC预后的指标之一;hsa-miR-450b-5p/MLLT6可能为提示EOC的生物指标.

关键词：上皮性卵巢癌、microRNA、GEO、生物信息学

所属期刊栏目：39

分类号：R737.31(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;广西自然科学基金重点项目

在线出版日期：2022-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：734-740