人血清新miRNA分子的预测及表达分析

摘要：

目的:基于高通量测序结合生物信息学挖掘人新miRNA分子,以期为疾病诊治提供理论基础.方法:分别提取4例正常人和乳腺癌患者的血清外泌体,通过Illumina HiSeq SE50高通量miRNA测序,滤掉已知miRNA后,用Bowtie2筛选出与人全基因组数据库(GRCh38.P13)匹配的序列,再用MIREAP和RNAfold软件筛选出新miRNA候选序列.分别收集18例正常人和29例乳腺癌患者血清,用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析其中两个新miRNA的表达水平.最后通过miRWalk 2.0数据库对一个miRNA分子进行靶基因预测,并进一步利用GEPIA和UALCAN数据库预测靶基因在乳腺癌中的临床意义.结果:提取得到的外泌体质量良好.通过筛选得到7条新miRNA的候选序列,其中miRNA-A和miRNA-B在正常人和乳腺癌患者血清中均有表达,但无显著差异.预测得到的miRNA-A靶基因包括CLK1、CLK4、GNG2和NPR2,它们在乳腺癌组织中均低表达,并且其表达水平在乳腺癌的不同分子分型和组织类型存在显著差异.结论:经外泌体高通量miRNA测序筛选并已初步验证得到两个新miRNA分子,其功能有待进一步研究.

关键词：高通量测序;生物信息学;外泌体;miRNA;数据库

所属期刊栏目：38

分类号：R737.9(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;广西自然科学基金

在线出版日期：2022-02-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：2220-2226