加权基因共表达网络分析鉴定间质性肺疾病关键节点基因

摘要：

目的:通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定间质性肺疾病(ILD)相关的基因模块与关键基因.方法:从基因表达综合数据库(GEO)中下载包含ILD模型及ILD患者的表达谱(GSE32539)数据集.利用R软件包做数据归一化处理;对归一化后的数据集用WGCNA算法进行模块化分析,根据临床信息筛选相关性较高的模块,利用Cytoscape软件筛选hub基因,并构建ILD相关hub基因的加权共表达网络.结果:使用WGCNA计算得出27个基因模块,其中与临床表型相关性较高的模块为black模块,从该模块中筛选出19个hub基因:NOX4、STOX1、NOS1、SP140L、DYNLT3、KRT16P2、NOTCH3、PGM3、NPC1、NOP2、ADM、NOTCH4、KIAA0930、NPAT、SLFN11、NOVA2、MUC13、NOVA1、HIST1H3I.KEGG富集结果显示,hub基因的功能富集主要集中于Notch信号通路、背腹轴形成、内分泌抵抗、甲状腺激素信号途径、参与癌症的microRNA、代谢等.结论:使用WGCNA方法鉴定ILD关键节点基因有望为研究ILD的发病机制提供新的思路.

关键词：生物信息学、加权基因共表达网络分析、间质性肺疾病

所属期刊栏目：37

分类号：R563.9(呼吸系及胸部疾病)

资助基金：国家自然科学基金资助项目;广西研究生教育创新计划课题资助项目

在线出版日期：2020-07-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：29-36