蛇毒Ⅰ型和Ⅱ型磷脂酶A2基因密码使用的比较和分析
目的:通过比较和分析蛇毒中Ⅰ型和Ⅱ型磷脂酶A2(phospholipase A2,PLA2)基因编码的特点,了解蛇毒中两类PLA2分子生物学的信息.方法:从国际基因库中搜寻所有蛇毒PLA2基因信息(mRNA),对于符合研究条件的基因,利用CodonW分析软件和计算机进行分析,计算出两类PLA2的同义密码相对运用值(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU),编码区鸟嘌呤/胞嘧啶(GC)含量和GC在三联体密码子中第3位置上所占的百分比(GC3S)含量,以及4种类型的碱基的含量.结果:眼镜蛇科Ⅰ型PLA2和蝰蛇科Ⅱ型PLA2基因编码区GC含量明显不同,蝰蛇科Ⅱ型PLA2的GC含量和GC3S含量分别为53.05％和65.53％,明显高于眼镜蛇科的Ⅰ型PLA2的49.48％和49.68％;RSCU值显示眼镜蛇科Ⅰ型PLA2对29个密码子具有偏好性,蝰蛇科Ⅱ型的有27个密码子,两类PLA2偏好使用的密码有明显不同;蝰蛇科Ⅱ型PLA2的RSCU相对较高;在可以选择密码子的19个氨基酸中,两类PLA2在12个氨基酸有着不同的偏好性;终止密码子具有特殊的偏好性,RSCU值均很高.结论:眼镜蛇科和蝰蛇科的两类PLA2基因在密码子使用上有明显不同的偏好性,蝰蛇科的PLA2偏好程度更强些,这可能与蝰蛇科的PLA2基因位于GC丰富的区域有关.
磷脂酶A2基因、密码子、同义密码偏好性、蛇毒
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R-33(医学研究方法)
广西自然科学基金资助项目2010GXNSFA013246
2014-02-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共4页
840-843
