10.16088/j.issn.1001-6600.2021080902
祁连山黄参叶片转录组测序及生物信息学分析
在《本草纲目》中黄参被誉为"小人参",以黄参叶片为试材,采用高通量测序平台BGISEQ-500进行转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释.结果表明:1)利用组装软件,获得99981个Unigene,总长度是113850816 bp,平均长度是1138 bp,N50的长度是1874 bp,GC含量是39.93％.2)将Unigene比对到7大功能数据库进行注释,分别有49390(NT:49.40％)、48281(SwissProt:48.29％)、61116(KOG:61.13％)以及55859(Pfam:55.87％)个Unigene获得功能注释.3)比对到NR数据库共有66451条,黄参与胡萝卜Daucus carota subsp.sativus有较高同源性,与其他物种的同源性较低.4)基因本体(gene ontology,GO)数据库注释显示,有78040条Unigene得到注释,按功能分为生物过程、细胞组分、分子功能三大类,分别有15、11、14个亚类,其中执行生物过程的类区较多.5)51479条Unigene富集在KEGG数据库的20条代谢通路中.6)在KOG数据库中,有61116条Unigene被分配到26个基因功能大类中,参与功能预测、信号转导、翻译、修饰及蛋白质运输的基因最多.7)使用Transdecoder检测出62323个CDS,检测出17308个SSR(simple sequence repeats)分布于13256个Unigene中,双核苷酸重复基元类型最为丰富(6721,占38.83％);预测出2370个编码转录因子的Unigene.黄参遗传信息丰富,本文研究结果将为揭示黄参遗传背景、分子标记研究、开展其功能基因组分析等提供基础数据,也为黄参的综合利用及研发奠定基础.
黄参、转录组、功能基因、生物信息学、SSR标记
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S567.239(经济作物)
国家自然科学基金;甘肃省自然科学基金;甘肃省陇原青年创新创业人才团队项目
2023-03-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共10页
247-256
