显齿蛇葡萄转录组测序、注释与分析

摘要：

本研究通过高通量转录组测序和生物信息学分析获得显齿蛇葡萄的转录表达数据,提取显齿蛇葡萄叶片和茎的总RNA(Ribonucleic Acid,核糖核酸)、建库、测序、组装,注释和比对等生物信息分析技术得到显齿蛇葡萄转录组的遗传信息.共检测到23,208,741个高质量的Reads,对数据进行Denovo组装后,获得43,603个Unigene,其中Unigene的N50长度为1580 bp,平均长度为1000.2bp.在KOG、GO、KEGG、NR、SwissProt数据库中进行比对,得到注释的有25714个(58.97％)Unigene.其中25,801个Unigene在Nr数据库中得到注释,15,934个Unigene在KEGG数据库中得到注释,涉及135条代谢通路.在显齿蛇葡萄中我们共鉴定到75个Unigene涉及黄酮类生物合成,其中参与黄酮和黄酮醇生物合成的Unigene有4个,参与异黄酮生物合成的U-nigene 有 13 个.同时还检测到 922 个转录因子(Transcription factors,TFs).采用 MISA(Mi-crosatellite identification tool)对组装的 1000 bp 以上的 unigene 分析发现,4771 个 Unigene 包含5869个简单重复序列(Simple sequence repeats,SSRs),并使用Primer 3.0设计引物.利用高通量测序和生物信息学分析获得了显齿蛇葡萄的转录组信息特征,转录组数据为显齿蛇葡萄的重要功能基因鉴定,次生代谢通的挖掘奠定了研究基础.

关键词：显齿蛇葡萄、转录组、Unigene、功能注释、SSR

所属期刊栏目：35

分类号：S567.1+9(经济作物)

资助基金：汕尾市省科技专项资金项目;广州市科技计划项目;广东省农业科学院汕尾分院科技合作专项

在线出版日期：2023-02-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：15-23