三种人参属植物的EST-SSR信息分析及其在三七中的应用

摘要：

为了解人参属植物EST中SSR分布特点及其在三七SSR标记中的应用,利用生物信息学方法,用primer3软件对dbEST数据库中人参属植物人参、西洋参和三七的EST序列进行搜索,发现人参属植物EST-SSR出现频率为11.54%,平均每4.39kb出现1个SSR。人参属植物单核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元和二核苷酸重复基元,分别占总SSR的54.48%、17.31%和16.36%。人参属EST-SSR的优势类型为A/T和AT/TA,分别占54.73%和8.21%。根据人参属植物EST中的SSR设计48对引物,在合适的PCR扩增体系下,用5个三七样品的DNA为模板进行PCR扩增,引物有效扩增率85.42%,其中多态性引物占可扩增引物的70.73%。结果表明,利用人参属EST序列开发三七EST-SSR标记是可行的。

关键词：人参属、三七、EST-SSR

所属期刊栏目：30

分类号：Q939.5(微生物学)

资助基金：国家“十一五”科技支撑项目2006BAI06A12-13;云南省自然科学基金项目2007C136M

在线出版日期：2012-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：62-71