玉米混合组织的EST文库的构建和部分EST序列的分析

摘要：

以CLONTEECH的pDNR-LIB质粒为载体,构建了干旱和盐碱共胁迫48h和相应的无胁迫正常生长条件下耐旱玉米(Zea mays L.) YQ7-96品系的雌雄分化期(12片叶龄)的混合组织(叶、茎和花器)EST文库.该文库容量>2×105个克隆,覆盖了预计的玉米基因组5万个基因的4倍以上.随机对3 168个克隆中插入的cDNA进行测序, 获得有效序列2 098条,其中,2 002个克隆中的cDNA进行了5'端测序,96个克隆中的cDNA的进行了5'和3'两端测序.结果表明,3'端测序的96个克隆的cDNA都含有poly A尾巴;进一步对这2 098条组装分析,形成168个重叠群(Contig)和1 693个单拷贝EST(Singlet),代表了共计1 861条独立基因(Unigene);根据GenBank 中的玉米EST数据库和 BLASTn分析软件进行核苷酸同源性分析,1 731条(93.01%)EST的score值大于或等于100, 130条(6.99%)的EST的score值小于100,说明这130条属于新的表达基因的序列,有21条可以定位在玉米的不同染色体上; BLASTx分析表明,2 098条EST中,1 007条(48%)有功能注释信息,1 091条(52%)无功能注释信息.该文库中的EST将会对公共数据库中现存的玉米EST数据起到补充作用.

关键词：玉米、干旱、盐碱、共胁迫、表达序列标签、文库

所属期刊栏目：23

分类号：Q785;Q786(基因工程（遗传工程）)

资助基金：引进国际先进农业科技计划948计划2001-205;广西科技攻关项目桂科攻0228019-6

在线出版日期：2004-11-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：243-248