基于高通量转录组测序的斑重唇鱼SSR分布及序列特征分析

摘要：

[目的]基于高通量转录组测序分析斑重唇鱼SSR分布及序列特征,为斑重唇鱼SSR分子标记开发、遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子辅助育种提供理论数据.[方法]使用Illumina NovaSeq高通量测序平台对斑重唇鱼皮肤组织进行转录组测序,利用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,再用MISA对筛选得到的1kb以上的Unigenes进行SSR分布及序列特征分析.[结果]斑重唇鱼转录组共获得244.42 Gb Clean data,组装后获得55182条Unigenes,其中8903条Unigenes含有SSR位点,含有SSR的Unigenes比例为16.13%,共含有12899个SSR位点,从中除去616个复合型SSR位点,共获得12283个完美型SSR位点,存在单核苷酸～六核苷酸6种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元数目最多,为6654个,占比为54.17%,二核苷酸～六核苷酸随着核苷酸重复数的增多依次减少,分别是32.30%、12.04%、1.38%、0.07%和0.03%.斑重唇转录组中共有348种不同重复基元,其中最丰富、种类最多的是三核苷酸重复基元,共有145种;单核苷酸是数量最多重复基元类型,其重复基元数量最多的是(A)10型.SSR的长度范围较大,为10～75 bp,总长度为157088 bp,SSR相对丰度为0.19%,其中长度为10 bp的SSR数量最多,有3232个,占比为26.31%;其次是12、11和14 bp,占比分别为21.73%、12.02%和10.06%.[结论]斑重唇鱼转录组中SSR位点数量多,出现频率较高,多态性较好,可用来开发斑重唇鱼类分子标记,且不同核苷酸重复基元类型数量差异较大,且分布特征差异明显.

关键词：斑重唇鱼、转录组测序、SSR、序列特征、重复基元

所属期刊栏目：54

分类号：S917.4(水产基础科学)

在线出版日期：2023-08-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：806-814