基于转录组分析干扰FABP1基因对猪肌内脂肪沉积的影响

摘要：

[目的]探究FABP1基因对猪肌内脂肪细胞生物学功能的影响机制,为进一步研究FABP1对猪肌内脂肪沉积和脂质代谢的调控作用提供参考依据.[方法]将sh-FABP1干扰载体和空载体sh-NC分别转染至香苏杂交猪肌内脂肪细胞中,36 h后收集转染后的肌内脂肪细胞,采用TRIzol?Reagent总RNA提取试剂盒提取总RNA,待样本质检合格后,每个样品制备1 μg的RNA总量用于测序.运用生物信息学进行基因表达水平分析(基因表达水平计算、样本间相关性评估)、基因差异表达分析[差异表达基因(DEGs)筛选和统计、DEGs火山图]和功能富集分析(GO富集分析、KEGG富集分析).最后分别挑选4个上调基因和4个下调基因运用实时荧光定量PCR验证转录组测序数据.[结果]sh-FABP1与sh-NC之间总共筛选出1129个DEGs,与sh-NC组相比,sh-FABP1上调基因有624个,包括PRKAR2A、ACSL5、ELOVL5和MAPK1等;下调基因有505个,包括LPL、FABP3、IGFBP4和OLR1等.对sh-FABP1与sh-NC之间的DEGs进行功能富集分析,KEGG富集发现上调基因主要在细胞周期(Cell cycle)、肿瘤抑制蛋白(p53)和Notch信号通路中富集,下调基因主要富集在过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路中.GO注释表明,有22个、15个和9个GO术语分别在生物过程(BP)、细胞成分(CC)和分子功能(MF)中显著富集(P<0.05,下同),显示与脂肪沉积相关具有显著差异的GO术语包括生物粘附(Biological adhesion)、生物调节(Biological regulation)、生物过程调节(Regulation of biological process)和代谢过程(Metabolic process).[结论]FABP1基因可能通过调节LPL、FABP3、IGFBP4和OLR1等相关基因的表达、脂肪沉积和脂质代谢相关通路,从而调节脂质生成和代谢.

关键词：猪、FABP1基因、脂肪沉积、脂质代谢、转录组测序分析

所属期刊栏目：54

分类号：S828(家畜)

在线出版日期：2023-08-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：724-734