基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列的杂交鲫与野生鲫群体遗传特征研究

摘要：

[目的]分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据.[方法]以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室养殖品系(实验红鲫)和3个野生鲫群体(分别采自湖南省长沙市望城区、长沙市长沙县和常德市)为研究对象,采用PCR扩增6个鲫群体的线粒体COI基因和D-loop区序列,使用DnaSP 6.12分析群体遗传多样性,利用MEGA 7.0.26计算群体内和群体间的遗传距离,运用TCS Network算法绘制单倍型网络,再以Structure 2.3.4推测群体遗传结构;利用Arlequin 3.5.2.2计算群体间的遗传分化系数(FST),并以邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)分别构建系统发育进化树;通过Tajima's D和Fu's Fs中性检验结合核苷酸错配分布分析评估群体历史动态.[结果]基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列,从6个鲫群体中共鉴定出25个单倍型(Hap1～Hap25);且3个野生鲫群体的单倍型多样性(h,0.582～0.877)和核苷酸多样性(π,0.00227～0.00532)明显高于2个杂交品系和实验红鲫品系.构建的单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,合方鲫品系可形成独立分支,且与日本白鲫聚在一起.同时,合方鲫品系与其他群体间的遗传距离(0.0539～0.0628)和遗传分化系数(FST,0.95147～0.98331)均较大,其次为NCRC品系和实验红鲫品系,说明养殖群体与野生鲫群体间已产生明显的遗传分化.在Structure聚类分析的基础上进行AMOVA分析,结果表明可将6个鲫群体划分为合方鲫品系、NCRC品系、实验红鲫品系和野生鲫群体共4组,且组间遗传变异占绝大部分(90.14％).从群体历史动态检验结果来看,6个鲫群体在近期历史上保持相对稳定,未曾经历过明显的群体扩张.[结论]合方鲫品系、NCRC品系及实验红鲫品系3个养殖群体与3个野生鲫群体间已产生明显的遗传分化,且存在一定程度的遗传多样性降低等问题.因此,在后续的鲫育种工作中应适当扩大繁育亲本数量,避免近亲繁殖和瓶颈效应,注重保护养殖群体种质资源的遗传多样性.

关键词：鲫、远缘杂交、线粒体、COI基因、D-loop区、遗传结构、遗传多样性

所属期刊栏目：53

分类号：S965.117(水产养殖技术)

资助基金：国家自然科学基金;湖南省自然科学基金青年项目;湖南省教育厅科学研究重点项目;长沙市杰出创新青年培养计划

在线出版日期：2023-03-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：3009-3019