育成期高能饲喂下开产与未开产蛋鸡肝脏miRNA表达谱差异分析

摘要：

[目的]对育成期高能饲喂下开产与未开产蛋鸡的肝脏进行miRNA高通量测序分析,探明高能饮食状态下蛋鸡肝脏中影响其开产的miRNA,为提高产蛋性能打下基础.[方法]以代谢能水平为12.14 MJ/kg的高能饲粮饲喂育成期蛋鸡,通过Illumina NextSeq500高通量测序平台对开产与未开产蛋鸡肝脏进行small RNA测序,使用DESeq分析miRNA表达量,并以实时荧光定量PCR进行验证;采用miRanda对差异表达miRNA进行靶基因和靶位点预测,同时以超几何分布对差异表达的靶基因进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析.[结果]6个样本(3个开产蛋鸡样本,3个未开产蛋鸡样本)能注释到的miRNA均超过300个,约占miRBase中已鉴定鸡miRNA的30.00％,且前体鉴定结果显示各样本注释到的miRNA有部分定位在同一前体上.与未开产组样本相比,开产组样本有9个miRNA表达上调、3个miRNA表达下调.其中,gga-miR-132c-5p、gga-miR-132b-5p、gga-miR-2184a-5p、gga-miR-132c-3p、gga-miR-132b-3p及gga-miR-2184a-3p属于同一miRNA基因簇,且gga-miR-1682、gga-miR-132b-3p和gga-miR-2184a-3p等3个上调miRNA在未开产蛋鸡样本中不表达.通过miRanda共预测得到129个差异表达潜在靶基因,以miR-203a预测得到的靶基因最多,为32个;其次是gga-miR-2184a-5p、gga-miR-148a-5p和gga-miR-12211-5p,分别预测到30、25和23个靶基因;而miR-132c-5p预测得到的靶基因最少,仅为9个.129个靶基因显著注释到8条GO功能条目上,生物学过程(Biological process)主要注释到脂质代谢过程、细胞脂质代谢过程、脂质生物合成过程、磷脂生物合成过程、磷脂代谢过程、甘油磷脂生物合成过程和解剖学结构发育,分子功能(Molecular funcion)仅注释到1条GO功能条目,即利钠肽受体活性,未发现涉及细胞组分(Cellular component)的GO功能条目;在注释到的8条GO功能条目中有6条与脂质代谢相关,涉及的靶基因有22个,占总潜在靶基因的17.10％.KEGG信号通路富集分析结果显示共显著富集到7条KEGG信号通路,其中脂肪酸降解、脂肪酸生物合成、酮体合成与降解及PPAR信号通路等4条信号通路与脂质代谢相关.[结论]育成期高能饲喂下开产与未开产蛋鸡中共存在12个差异表达miRNA,涉及129个差异表达潜在靶基因,且主要富集在肝脏脂质代谢相关过程和信号通路,说明miRNA是通过调控脂质代谢及其相关基因表达而影响蛋鸡开产.

关键词：蛋鸡、肝脏、miRNA、育成期、高能饲粮、开产

所属期刊栏目：53

分类号：S831.1(家禽)

资助基金：江苏省农业重大新品种创制项目;江苏省种业振兴揭榜挂帅项目;现代农业产业技术体系建设专项;扬州市科技计划项目

在线出版日期：2022-05-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：277-286