禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析

摘要：

[目的]探究禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1的全基因组变异情况,为调控荔枝果实成熟期、解析焦核发生分子机制及选育焦核品种提供理论支持.[方法]通过荔枝种质资源普查发现1个禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1,对禾荔和GLL-1开展全基因组重测序(测序深度50×),对比分析GLL-1全基因组变异情况.[结果]与禾荔相比,GLL-1果实明显较大,品质优良,特晚熟,种子变为焦核,可食率明显提高.从GLL-1基因组获得320858674个高质量的Clean reads,定位到荔枝参考基因组的高质量Clean reads数占比为96.07％,正确识别率大于Q20的碱基占比为96.48％,正确识别率大于Q30的碱基占比为91.38％,基因组GC含量为35.28％,覆盖度(大于1×的碱基占比)为97.62％.检测到9306084个单核苷酸多态性(SNP)位点和759887个小片段插入和缺失(Indel)位点,共导致12621个基因发生变异,其中发生非同义SNP突变的基因8451个,发生Indel的基因4170个.许多与花色素苷生物合成相关的MYB、bHLH、WD40转录因子家族基因及参与ABA信号转导的重要家族基因(bZIP、WRKY、MAPK及PPR)均发生突变.[结论]MYB、bHLH、WD40、bZIP、WRKY、MAPK及PPR等家族基因的突变可能是导致GLL-1果实特晚熟及焦核发生的一个主要原因,推测其在调控荔枝果实发育和焦核发生中发挥关键作用.

关键词：荔枝;焦核突变体;全基因组重测序;变异分析;SNP;Indel

所属期刊栏目：52

分类号：S667.103.6(果树园艺)

资助基金：国家自然科学基金项目;广西自然科学基金项目

在线出版日期：2021-10-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1780-1789