基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析

摘要：

[目的]利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据.[方法]以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接.利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树.[结果]筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL).三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点.在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量(Vs)分别为1、1和5个,单倍型数目(H)分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)最高的序列分别为trnT-trnL(π=0.00052)和trnH-psbA(Hd=0.535).trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima's D、Fu and Li's D*和Fu and Li's F*均无显著差异(P>0.05),符合中性进化模式.基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0～1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类～Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类.[结论]52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关.基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料.

关键词：甘薯;叶绿体基因组(cpDNA);trnL-trnF;trnH-psbA;trnT-trnL;遗传多样性;系统发育进化树

所属期刊栏目：52

分类号：S632.103.6(蔬菜园艺)

资助基金：国家重点研发计划项目;国家现代农业产业技术体系项目

在线出版日期：2021-09-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1536-1544