基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析

摘要：

[目的]发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础.[方法]从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的dbEST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析.[结果]对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点.从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8％和27.2％.通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性.[结论]NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性.

关键词：玫瑰、EST序列、SNP位点、生物信息学、NCBI

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分类号：S685.12(观赏园艺（花卉和观赏树木）)

资助基金：玉林师范学院青年科研项目2012YJQN07;广西亚热带作物研究所科研专项项目桂热研201307,桂热研201401

在线出版日期：2016-06-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：325-331