荨麻科植物DNA条形码的筛选

摘要：

[目的]评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力,为荨麻科植物鉴定提供参考.[方法]使用ITS、matK、rbcL和psbA-trnH绪列的通用引物对荨麻科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率,分析获得序列的碱基组成及变异,比较种间和种内变异的差异,并对条形码间距进行评估.[结果]psbA-trnh序列在荨麻科植物13个种30个样品中的扩增成功率最高(100.0％).psbA-trnH的有效序列获得率最高,为95.4％,ITS为92.3％,rbcL为90.1％,matK为零.ITS序列种间遗传距离范围为0～0.508,psbA-trnH序列为0～0.522,rbcL序列为0～0.532.ITS序列在种间、种内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA-trnH具有更明显的优势.ITS序列构建的系统发育树中不同物种形成单系分支的百分比最高,其次为psbA-trnH、rbcL序列.聚类结果表明,MP法的聚类效果最好,其次为UPGMA法、ML法,NJ法最不理想.[结论]荨麻科植物种间变异明显大于种内变异,DNA条形码适用于荨麻科植物种水平上的鉴定;3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别出不同种类的荨麻科植物,ITS、rbcL与psbA-trnH可作为鉴别荨麻科植物的DNA条形码序列组合.

关键词：荨麻科植物、DNA条形码、ITS、rbcL、psbA-trnH、matK

所属期刊栏目：45

分类号：Q78;Q949(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金青年科学基金项目41202013;中央高校基本科研业务费专项资金项目CUGL110219;中国地质大学武汉教学实验室开放基金项目SKJ2012019

在线出版日期：2014-04-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：178-183