利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达

摘要：

[目的]研究传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious hypodermal andhematopoietic necrosis virus,IHH-NV)感染凡纳滨对虾的基因差异表达,为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考.[方法]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得到unigene(单一基因序列),通过计算各unigene的转录本数目(RPKM)确定差异表达基因,并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达.[结果]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,共获得208690条短序列,序列拼接共得到21912条tmigenes;通过对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析,结果发现221个差异表达基因,包括81个上调表达基因和140个下调表达基因.经实时荧光定量PCR验证,454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠.[结论]IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达,而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因.

关键词：凡纳滨对虾、IHHNV、差异表达基因、转录本数目(RPKM)、高通量测序技术

所属期刊栏目：44

分类号：S945.46(水产保护学)

资助基金：国家自然科学基金项目31160531

在线出版日期：2014-01-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1899-1903