牛SOCS5基因5'调控区多态性研究

摘要：

[目的]筛选SOCS5基因启动子区多态位点(SNP),并研究其对启动子功能元件的影响.[方法]选择贵州地方优良品种务川黑牛和中国荷斯坦奶牛两种生长性能差异明显的品种构建DNA池,直接测序后用DNASTAR软件进行序列拼接和校正,BLAST分析SOCS5基因多态性,然后用生物信息学软件预测序列核心启动子区和CpG岛,分析SNP位点对转录因子结合位点影响.[结果]牛SOCS基因5调控区和第1外显子区存在3个SNP位点,分别为:C-577T、T-43C和C+61T,其中C+61T与SNP数据库中的rs110977810信息相符,C-577T和T-43C为新发现SNP位点.生物信息学软件预测得到SOCS5基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新位点产生;SNP位点对转录因子结合位点有显著影响,但对核心启动子范围和起始位点无明显影响,不在甲基化水平上影响SOCS5基因表达水平.[结论]牛SOCS5基因5'调控区存在3个对启动子功能元件有较大影响的SNP位点.

关键词：SOCS5基因、SNP位点、启动子、CpG岛、贵州务川黑牛、中国荷斯坦奶牛

所属期刊栏目：44

分类号：S823(家畜)

资助基金：贵州省重大科技专项计划项目黔科合重大专项字[2011]6009号;贵州大学研究生创新基金项目研农2013021

在线出版日期：2013-10-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1362-1366