桑树EST-SSR引物开发

摘要：

[目的]利用桑科的EST数据库进行桑树EST-SSR引物开发,为丰富桑树SSR数据库提供参考.[方法]下载NCBI中桑科的EST数据库,进行序列处理及拼接后,用SSRIT搜索其中的SSR位点,以Primer Premier 5.0设计引物,选用5个桑树品种各5株样品进行多态性引物筛选.[结果]下载的EST拼接后得到2008条拼接片段(contig),共搜索到831个SSR位点,分布在799个contig中.二、三核苷酸重复基元是主导类型,分别占总SSR的66.06％和32.37％; TC/AG和CT/GA是二核苷酸优势重复基元,分别占二核苷酸总数的28.64％和25.87％.设计合成77对EST-SSR引物,其中46对能够扩增出有效条带;经多态性筛选,26对引物可扩增出多态性条带.[结论]利用桑属近缘属的EST序列进行桑树EST-SSR引物的开发是可行的;开发出的26对多态性引物可用于桑树遗传多样性分析和种质鉴定等.

关键词：桑树、EST-SSR、引物、开发、EST数据库、多态性

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分类号：S888.3(蚕桑)

资助基金：广西自然科学基金项目2010GXNSFB013045;广西教育厅面上项目200911MS216

在线出版日期：2013-10-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1254-1257