参薯ADP-ribosylation factor(ARF)基因的生物信息学分析

摘要：

[目的]对参薯等11种植物的ARF基因进行生物信息学分析,为深入研究植物ARF基因的结构与功能分析奠定基础.[方法]对参薯ARF同源序列进行克隆和序列测定,利用生物信息学相关软件对参薯等11种植物的ARF的核苷酸序列、氨基酸序列、组成成分、疏水性/亲水性、蛋白质二级和三级结构、信号肽、跨膜结构、导肽进行分析.[结果]参薯ARF基因同源片段大小为1200bp.系统进化分析结果表明,参薯等11种植物的ARF氨基酸序列可分为Ⅰ和Ⅱ两大类,细分A、B、C、D、E5个亚族,其中参薯ARF1和蒺藜苜蓿组成一个亚族,参薯ARF2和风信子组成一个亚族.参薯ARF的氨基酸序列中存在GTP/Mg2+结合位点和G2、G3保守区域,具有两个相同的效应结构域Switch1和Switch2.参薯ARF蛋白结构以无规则卷曲为主,三级空间结构不稳定.ARF蛋白为疏水性、脂溶性蛋白,无信号肽,存在明显跨膜结构域；ARF导肽无明确定位,预测等级为3级.[结论]参薯ARF蛋白结构的特殊性为其执行物质转运和参与信号转导功能奠定基础.

关键词：参薯、ARF基因、生物信息学、聚类分析、蛋白结构

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分类号：S567.239(经济作物)

资助基金：高等学校博士学科点专项科研基金项目20114601110001;海南省自然科学基金项目310024

在线出版日期：2013-09-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1069-1075