叶蝉EST资源的微卫星信息分析

摘要：

[目的]分析叶蝉EST序列信息,为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础.[方法]利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计,并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计,开发出SSR标记.[结果]11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb.按照引物筛选设定的参数,筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列,占总EST序列的17.6％；其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物,平均间距为2.63 kb.在2～5个核苷酸重复中,3个核苷酸重复为优势基序,占总基序的77.3％,尤以AAT类最丰富,占3个核苷酸重复总数的40.7％；双核苷酸重复中,AG类所占的比例最大,为39.1％.[结论]从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物,以3个核苷酸重复基序所占比重最大.

关键词：叶蝉、EST、SSR、EST-SSR、引物筛选

所属期刊栏目：44

分类号：S433.3(病虫害及其防治)

资助基金：广西大学科研基金项目XBZ110385

在线出版日期：2013-07-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：558-561