红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因的电子克隆及序列分析

摘要：

[目的]采用电子克隆技术克隆红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因,并应用生物信息学技术分析其推导氨基酸的序列特征,为进一步探索其在免疫功能中的作用奠定基础.[方法]以斑马鱼的组织蛋白酶L核苷酸序列(Y08321.1)为探针,对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLASTn分析,将检索到的匹配结果进行碱基3′端及5′端的适当延长,用DNAssist预测其编码信息;然后从GenBank获取若干物种组织蛋白酶L序列,用DNASTAR软件进行比对.[结果]红鳍东方鲀组织蛋白酶L基因全长2005 bp,含7个外显子和6个内含子;包含编码336个氨基酸的开放阅读框(1011 bp);其推导的氨基酸序列具有组织蛋白酶L所特有的氨基酸保守结构域(ERWNIN和GNFD)及由Cys25、His159和Ash175残基组成的保守活性位点,与青鳉、鲤鱼的组织蛋白酶L基因具有较高的序列一致性.[结论]红鳍东方鲀组织蛋白酶L的一些结构域和催化活性位点在进化过程中比较保守,与鱼类物种来源的组织蛋白酶L在氨基酸水平上一致性较高,在进化上亲缘关系较近.

关键词：红鳍东方鲀、组织蛋白酶L、生物信息学、电子克隆、序列分析

所属期刊栏目：43

分类号：Q959.489(动物学)

资助基金：国家星火计划引导项目2011GA780033,2008GA780049;广东省科技攻关项目2011B020307008;湛江师范学院博士专项项目ZL0703,ZL0704;南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室开放项目2011GDU026

在线出版日期：2013-01-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1569-1574