甘蔗MAP激酶基因SoMAPK4克隆与生物信息学分析

摘要：

[目的]克隆甘蔗MAP激酶家族新基因的全长序列,为了解甘蔗抗逆胁迫机制提供依据.[方法]以新台糖22为材料,提取甘蔗幼叶总RNA并反转录为cDNA;利用已知物种MAP激酶基因核苷酸序列保守区设计引物,采用5′和3′端RACE技术克隆新基因全长,并进行生物信息学分析.[结果]克隆获得的甘蔗新基因与玉米ZmMAPK4同源性很高,达92.6％,将该基因命名为SoMAPK4(登录号JQ062930),基因全长1499 bp,其中开放阅读框(ORF)为1128 bp,5′非翻译区(UTR)为218 bp,3′非翻译区(UTR)为213 bp.生物信息学分析结果表明,SoMAPK4基因编码一个含376个氨基酸的蛋白质,分子量约43.5 kDa,等电点为5.51,含有11个保守的蛋白激酶亚区和MAP激酶的磷酸化位点TEY基序.[结论]克隆获得甘蔗MAP激酶新基因SoMAPK4,该基因可能参与多种胁迫反应的信号传递,是研究甘蔗非生物胁迫和生物胁迫过程中信号传递的一个关键因素.

关键词：甘蔗、MAP、基因克隆、SoMAPK4、生物信息学

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分类号：Q943.2;S566.1(植物学)

资助基金：广西科学基金项目桂科自0990182,桂科基0778006-4,桂科青0832059,2011GXNSFF018002,2011GXNSFD018021;广西农业科学院博士后基金项目桂农科博2009013;广西农业科学院基本业务专项项目201107Z基,G2010003;广西农业科学院公益性维持项目桂农科2012GW13;南宁市科学研究与技术开发计划项目201102026B

在线出版日期：2012-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：727-732