正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及验证

摘要：

[目的]探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法.[方法]以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料,应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆,并用RT-PCR验证其准确性.[结果]电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列,共获得20条片段重叠群( Contigs),经基因注释,证实其均得到了有效延伸,具有完整开放阅读框(ORF),其中已知的猪基因序列14条,猪新基因序列6条；从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列(EST contig110和ESTcontig133)进行全长cDNA预测,发现电子克隆所得序列EST contig110和EST contig133的预期扩增片段(ORF)与实际扩增片段(ORF)基本一致,核苷酸相似性在98.0％以上,氨基酸相似性在93.0％以上.而对EST contig133的ORF序列猪的60S核糖体蛋白L18a亚基)进行基本特性及结构预测,发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白,由6个折叠和6个螺旋结构组成,含有8个不同的磷酸化位点.[结论]从EST序列电子克隆全长基因是可行的,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考.

关键词：猪、外周血淋巴细胞、电子克隆、表达序列标签(EST)

所属期刊栏目：42

分类号：S828;Q785(家畜)

资助基金：国家“863”计划项目2007AA10Z160;国家自然科学基金项目31060336;广西科学研究与技术开发计划项目桂科攻0480001;广西大学科学技术研究重点基金项目2003ZD01

在线出版日期：2012-01-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1136-1143