基于高通量测序数据分析食管鳞状细胞癌circRNA的研究

摘要：

目的:基于高通量测序数据分析食管鳞状细胞癌（ESCC）特异性差异表达的circRNA。方法:选取空军军医大学唐都医院2018年3月至2019年3月病理确诊为ESCC的6例患者为研究对象，其中3例为Ⅰ期ESCC，3例为Ⅲ期ESCC。采用高通量测序技术对患者的癌组织和癌旁组织的circRNA表达情况进行差异性分析，对差异表达的基因进行GO富集分析、KEGG富集分析和维恩分析，利用Cytoscape软件构建circRNA-miRNA-mRNA网络。对癌组织中差异表达最显著的基因进行细胞学和组织学验证，并分析circRNA与患者临床病理特征的关系。结果:在3例Ⅰ期ESCC患者的癌旁组织和癌组织中筛选出553个差异表达的circRNA，其中在癌组织中上调的有413个，下调的有140个；在3例Ⅲ期ESCC患者的癌旁组织和癌组织中筛选出425个差异表达的circRNA，其中在癌组织中上调的有276个，下调的有149个。GO富集分析显示，Ⅰ期ESCC患者差异表达circRNA的宿主基因主要富集在有丝分裂G
2/M转变等细胞周期相关的生物学过程，Ⅲ期ESCC患者差异表达circRNA的宿主基因主要富集在有丝分裂纺锤体检查点和细胞基质黏附等细胞分裂和肿瘤发展相关的生物学过程。KEGG富集分析显示，Ⅰ期和Ⅲ期ESCC患者的癌组织中差异表达的circRNA均主要富集在细胞黏附相关肿瘤生物学通路。维恩分析结果显示，Ⅰ期和Ⅲ期ESCC患者中筛选出在癌旁组织中特异性表达且差异显著的circRNA分别有2个和8个，在癌组织中特异性表达且差异显著的circRNA分别有11个和14个。circRNA-miRNA-mRNA网络显示，Ⅰ期ESCC患者癌组织相关circRNA-miRNA-mRNA网络由7个circRNA节点、10个miRNA节点和28个mRNA节点组成，Ⅲ期ESCC患者癌组织相关circRNA-miRNA-mRNA网络由7个circRNA节点、9个miRNA节点和49个mRNA节点组成。分别选取Ⅰ期和Ⅲ期ESCC患者癌组织中差异表达最显著的hsa-circ-0060927和hsa-circ-0109301进行细胞学和组织学验证，结果显示hsa-circ-0060927在ESCC细胞株TE1、TE13、KYSE30、KYSE170和人正常食管上皮细胞株HEEC的相对表达量分别为7.82±1.96、12.69±2.68、12.78±2.74、7.53±1.75、2.43±0.17，差异有统计学意义（
F=4.68，
P=0.004），hsa-circ-0060927在ESCC细胞株TE1、TE13、KYSE30、KYSE170中的相对表达量均高于人正常食管上皮细胞株HEEC，差异均有统计学意义（
P=0.009；
P=0.003；
P=0.003；
P=0.007）。hsa-circ-0109301在ESCC细胞株TE1、TE13、KYSE30、KYSE170和人正常食管上皮细胞株HEEC中的相对表达量分别为5.16±1.32、6.28±1.57、4.89±1.13、8.92±2.12、22.56±4.13，差异有统计学意义（
F=4.31，
P=0.022），hsa-circ-0109301在ESCC细胞株TE1、TE13、KYSE30、KYSE170中的相对表达量均低于人正常食管上皮细胞株HEEC，差异均有统计学意义（
P=0.027；
P=0.015；
P=0.024；
P=0.008）。hsa-circ-0060927在13例早期ESCC患者癌组织中的相对表达量为12.89±2.67，明显高于癌旁组织的5.73±1.18，差异有统计学意义（
t=15.02，
P<0.001）；hsa-circ-0109301在19例晚期ESCC患者癌组织中的相对表达量为7.78±2.17，明显低于癌旁组织的16.32±3.15，差异有统计学意义（
t=9.73，
P<0.001）。hsa-circ-0109301的表达与晚期ESCC患者分化程度相关（
P=0.023）。
结论:在早期和晚期ESCC患者中分别筛选出1个特异性差异表达最显著的circRNA（hsa-circ-0060927和hsa-circ-0109301），其中hsa-circ-0060927在ESCC癌组织中高表达，hsa-circ-0109301在ESCC癌组织中低表达，且hsa-circ-0109301的表达与肿瘤分化程度相关。

关键词：食道鳞癌、RNA，环状、序列分析，RNA

所属期刊栏目：50

在线出版日期：2023-07-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：328-335