基于生物信息学数据库分析肾透明细胞癌SKA1表达及临床意义

摘要：

目的:探讨纺锤体和动粒相关蛋白复合体亚基1(SKA1)在肾透明细胞癌中的表达及临床意义。方法:收集2018年1月至2018年12月在新疆医科大学附属肿瘤医院就诊的76例肾透明细胞癌患者术前和24例健康体检者的静脉血液标本，利用实时荧光定量PCR检测患者全血中SKA1的水平，分析SKA1的水平与临床病理特征的关系。挖掘Oncomine(v4.5)、The Human Protein Atlas(THPA)基因数据库、The Cancer Genome Atlas(TCGA)门户网站(cBioportal)和Gene Expression Omnibus(GEO)中关于SKA1的信息，基于cBioportal数据库中的肾透明细胞癌数据采用Kaplan-Meier法进行生存分析，log-rank检验进行生存率的比较，
χ2检验分析SKA1水平与临床病理特征的关系。采用ROC曲线评价SKA1 mRNA在肾透明细胞癌中的诊断价值，并采用KOBAS 3.0版在线工具对SKA1基因进行富集分析。
结果:Oncomine(v4.5)数据库中检索到2项关于SKA1 mRNA在人肾透明细胞癌组织中表达水平的研究，共38个样本，分析结果显示人SKA1 mRNA在肾透明细胞癌组织中呈高表达，进一步检测发现，与正常肾组织相比，SKA1 mRNA在肾透明细胞癌组织中的表达水平显著升高[-2.21(-3.56，-1.59)
vs. -3.41(-4.55，-1.65)]，差异具有统计学意义(
Z＝2.282，
P＝0.022)。利用THPA在线网站分析表明，SKA1蛋白在肾癌组织中呈明显中等强度染色，而在正常肾组织中极少部分弱阳性表达或不表达，SKA1主要定位于细胞质膜，这一检测结果与mRNA分析结果一致。cBioportal数据库分析结果表明，SKA1表达水平与AJCC分期(
χ2＝21.352，
P<0.001)、T分期(
χ2＝19.967，
P<0.001)、N分期(
χ2＝11.323，
P＝0.003)及M分期(
χ2＝27.248，
P<0.001)显著相关。76例肾透明细胞癌患者外周血SKA1的水平为0.301±0.147，健康体检者为0.162 ± 0.052，差异具有统计学意义(
t＝7.360，
P<0.001)，其水平与AJCC分期(
t＝2.445，
P＝0.017)和淋巴结转移(
t＝2.242，
P＝0.028)相关，该结果与cBioportal数据库中组织分析结果相符。生存分析显示，cBioportal数据库中，肾透明细胞癌患者SKA1 mRNA的表达水平与总生存率和无瘤生存率相关(
χ2＝22.440，
P<0.001；
χ2＝23.830，
P<0.001)。GEO数据库中，肾透明细胞癌患者的SKA1 mRNA的表达水平与总生存率无关(
χ2＝0.241，
P＝0.632)。cBioportal数据库中ROC分析结果显示，选取诊断界值为-0.944时，SKA1 mRNA诊断肾透明细胞癌的敏感性为100%，特异性为98.7%，ROC曲线下面积(AUC)为0.991，95%
CI为0.972～1.000。对76例肾透明细胞癌患者进行ROC分析结果显示，当诊断界值为0.235时，外周血中SKA1水平诊断肾透明细胞癌的敏感性为75.0%，特异性为95.8%，AUC为0.837，95%
CI为0.761～0.914。KOBAS富集分析结果显示，SKA1高表达样本主要富集在染色体着丝粒、微管聚合与解聚调节、有丝分裂纺锤体检查点等基因集。
结论:SKA1高表达于肾透明细胞癌组织中，并与患者预后显著相关，可作为肾透明细胞癌的诊断指标及潜在的治疗靶点。

关键词：肾肿瘤、预后、计算生物学、SKA1

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资助基金：国家自然科学基金81760453;National Natural Science Foundation of China81760453

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：598-605