HOXC8在食管癌中的表达及富集分析

摘要：

目的:探讨HOXC8在食管癌中的表达情况及其可能参与的信号通路。方法:从癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理食管癌数据集的mRNA表达RNA-Seq数据及临床预后相关数据，进行差异表达基因分析，并绘制火山图和热图，对筛选出的差异表达基因进行可视化。以HOXC8表达量的中位数为界将食管癌患者分为高表达组和低表达组，使用Kaplan-Meier法进行生存分析。然后使用GSEA 4.0.1软件进行基因集富集分析，同时进行多GSEA富集分析的图形绘制。结果:对161例食管癌组织和11例癌旁组织的mRNA表达数据进行差异表达分析后，共筛选出3 454个差异表达基因，其中有2 317个上调的基因和1 137个下调的基因，聚类分析结果显示，差异表达可以把食管癌与癌旁组织有效区分开，说明上述差异表达结果具有很好的准确性。差异分析和配对差异分析结果显示，HOXC8在食管癌中显著高表达，与癌旁组织的差异具有统计学意义(
t＝5.333，
P<0.001；
t＝3.101，
P＝0.007)。删除生存时间<30 d的样本后，共有107例样本，HOXC8高表达患者(
n＝54)的预后更差，中位生存时间为553 d(95%
CI为396～710)，HOXC8低表达患者(
n＝53)的中位生存时间为784 d(95%
CI为62～1 506)，差异有统计学意义(
χ2＝4.153，
P＝0.042)，提示HOXC8为癌基因。GSEA分析结果显示，HOXC8高表达样本富集了细胞周期、剪接体等相关基因集，而HOXC8低表达样本则富集了磷脂酰肌醇信号通路等相关基因集。
结论:HOXC8在食管癌中显著高表达，且HOXC8高表达的患者预后更差，其可能通过参与细胞周期、剪接体、磷脂酰肌醇信号通路等调节食管癌的发生发展。

关键词：食管肿瘤、癌症和肿瘤基因组图谱、HOXC8

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资助基金：陕西省教育厅专项项目19JK0765;西安市科技计划2019114713YX002SF035（1）、2019114713YX002SF035（6）;Special Project of Shaanxi Provincial Department of Education19JK0765;Project of Xi′an Science and Technology2019114713YX002SF035 1, 2019114713YX002SF035 6

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：284-288