人类风湿关节炎滑膜中ABC转运蛋白基因差异表达的生物信息学分析

摘要：

目的:本研究通过对来自GEO数据库的数据和实验室测序数据进行生物信息学分析，分析ATP结合盒(ATP-binding cassette，ABC)转运蛋白基因在类风湿关节炎中的表达情况，分析ABC转运蛋白在类风湿关节炎中的作用机制。方法:采用R语言软件对人类风湿关节炎(rheumatoid arthritis，RA)、骨关节炎(osteoarthritis，OA)滑膜组织以及正常(normal，N)滑膜组织，体外实验中的人类滑膜成纤维细胞中肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor-α，TNF-α)实验组和对照组的多基因差异表达谱数据集进行综合分析。将ABC转运蛋白的差异基因与其他差异基因相关联，以获得相关性更大的差异基因。使用KEGG对具有更高相关性的差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)进行通路富集。利用Cytospace软件的STRING在线数据库，通过蛋白质相互作用(PPI)网络分析鉴定枢纽(Hub)基因。结果:ABC转运蛋白基因差异表达：RA组与N组相比，ABCC4和ABCG1的表达显著增加，而ABCA8的表达显著降低(
P<0.001)；RA组与OA组相比，ABCC4的表达显著增加，ABCA8的表达显著降低(
P<0.001)；与对照组相比，TNF-α组ABCA5的表达显著增加。与上述ABC家族具有高度相关性的差异表达基因的KEGG通路和蛋白质相互作用(PPI)网络分析进一步发现，大多数已确定的通路参与炎症、增殖、细胞存活和血管生成的调节。
结论:本研究发现了在类风湿关节炎中潜在的一组ABC家族差异基因，这将为RA的早期诊断提供潜在的生物标志物，并将有助于研究ABC转运蛋白在RA中的作用机制以及分子靶向治疗。

关键词：类风湿关节炎、ABC转运蛋白、GEO数据库、生物标志物、生物信息学

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资助基金：国家重大科技产业工程计划2017YFB0403805;National Major Project for the Research Task2017YFB0403805

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：265-274