序列和功能信息介导的蛋白质互作特征评价与数据库构建

摘要：

目的 蛋白质相互作用研究对于理解DNA功能、基因组元件作用机制有重要意义.已有大量工作在从蛋白质-蛋白质互作的计算预测方向展开,其中蛋白质-蛋白质互作的特征起着很重要的作用.互作特征的评价及相关数据库构建仍是蛋白质互作预测的一项重要工作.方法 该文从基因、蛋白质序列、功能信息层面提取出人类蛋白质-蛋白质对的27个特征,并应用于多种分类器,利用ROC曲线对特征的性能给出了科学的评价.结果 通过研究发现逻辑回归和贝叶斯网络分类效果最好,生物过程、细胞组分、分子功能、基因表达值、组织、域间互作的可用性明显高于其他特征,同时构建了人类蛋白质互作特征数据库,供广大科研工作者使用.结论 从多角度评价了特征可用性,得到了表现较优的特征,但是对于其中一些特征,还需要进一步提高覆盖率,从而达到更好的效果.

关键词：蛋白质-蛋白质互作、机器学习、特征评价、数据库

所属期刊栏目：37

分类号：TP391;TP18;O212.1

资助基金：黑龙江省教育厅科研项目12531298

在线出版日期：2014-12-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：230-235