基于生物信息学方法的胃癌靶点预测研究

摘要：

目的:分析胃癌相关的差异表达基因，分析其相关信号通路。方法:从高通量基因表达（GEO）数据库中选取胃癌相关的基因表达芯片GSE63121（miRNA）和GSE2685（mRNA），设置筛选标准获取差异表达基因，之后用miRDB数据库预测胃癌相关的共有基因。在注释、可视化和集成发现（DAVID）数据库中对共有基因进行基因肿瘤学（gene ontology，GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）富集分析。使用检索相互作用基因的搜索工具（STRING）对具有相互作用的基因进行可视化分析，构建差异表达基因的蛋白质交互作用网络（PPI）。使用基因表达谱交互分析（GEPIA）数据库预测差异基因与胃癌患者生存率间的关系，根据预后筛选出有意义的差异表达基因。最后通过TIMER2.0数据库分析最终筛选到的基因与免疫细胞浸润的相关性。结果:共获得734种差异表达基因，其中表达上调和下调的基因分别为261和473种；获得20种差异表达miRNA的基因，表达上调和下调的基因分别为1和19种。得到相互映射的共有基因103种，其在胃癌中主要参与了免疫系统调节和代谢过程的调节过程等。通过GEPIA数据库筛选得到的显著差异表达基因为cAMP反应元件结合蛋白1（CREB1）和雌激素受体1（ESR1），二者低表达时胃癌患者有较好的预后。胃癌组织中CREB1和ESR1的表达均与肿瘤微环境中调节性T细胞（Tregs）的浸润水平正相关（均
P<0.05）。
结论:CREB1和ESR1在胃癌发生、发展过程中影响免疫浸润，二者高表达与胃癌不良预后相关，可能的原因是肿瘤微环境中存在更多的Tregs细胞。CREB1和ESR1有望成为研究胃癌发病机制和分子机制及临床应用的重要靶点。

关键词：生物信息学、胃癌、差异基因、信号通路、预测靶点

所属期刊栏目：44

资助基金：天津市肿瘤医院肿瘤转化医学种子基金2018B1802;Translational Medicine Seed Fund of Tianjin Medical University Cancer Institute and Hospital2018B1802

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：447-453