艾滋病患者马尔尼菲青霉菌优势株酵母相全长cDNA文库的构建和初步分析

摘要：

目的 构建广东地区艾滋病患者马尔尼菲青霉菌(PM)优势株酵母相全长cDNA文库,筛选UniGene和全长基因,为PM的功能基因组学研究和致病机制的探讨奠定基础.方法 应用CloneMiner cDNA construction kit提取广东地区艾滋病患者PM优势株酵母相mRNA,反转录成cDNA后通过BP重组方法克隆进pDONR222载体制备成Uncut型cDNA文库,然后利用基因组DNA饱和杂交原理,对Uncut型cDNA文库进行均一化处理,构建均一化cDNA文库.针对均一化文库,随机挑取2000个克隆子进行双向测序,并进行生物信息学分析,筛选UniGene和全长基因.结果 Uncut型cDNA文库总克隆数为1.16×107 cfu/mL,重组率95%,平均插入片段长度＞1 kb;均一化文库总克隆数为1.18×106 cfu/mL,重组率95%,平均插入片段长度＞1 kb.测序获得1945条基因片段长度＞1 kb的序列,归并获得1360个UniGene,632个全长基因.结论 所构建的艾滋病患者PM优势株全长cDNA文库质量较好,采用的技术路线获取全长基因建立基因表达谱的效率较高,可以很好满足下一步实验需要.

关键词：获得性免疫缺陷综合征、马尔尼菲青霉菌、基因、生物信息学

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分类号：R5(内科学)

资助基金：国家十一五科技重大专项课题2008ZX10001-006;2008ZX10001-008;广州市卫生局重点科研项目2009-Zdi-16;2009-Zdi-06;广州市卫生局课题A2010478

在线出版日期：2010-11-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：291-295