不同基因型HBV大S蛋白生物信息学初步比较分析

摘要：

目的 对不同基因型HBV的大S蛋白进行生物信息学比较研究,并分析其意义.方法 从GenBank中获取不同基因型(A~J)HBV的大S蛋白核苷酸与氨基酸序列,采用Clustal X,Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性,应用在线软件TMHMM v2.0以及AntheProt5.0软件分析大S蛋白跨膜区、信号肽与二级结构.结果不同基因型大S蛋白基因核苷酸同源性为83.0 %~95.3 %,氨基酸同源性为79.5 %~95.5 %;pre S1功能结构域(氨基酸1～75)含有多个高变异位点(氨基酸3、氨基酸28、氨基酸40、氨基酸43和氨基酸73);S蛋白有4次跨膜,S蛋白膜外功能结构域(氨基酸99～172)较保守,含有多个保守的半胱氨酸残基位点;S蛋白中存在潜在信号肽结构,氨基酸27和氨基酸98为潜在信号肽断裂位点;不同基因型大S蛋白均富含潜在α螺旋、β折叠和卷曲结构.结论 不同基因型HBV大S蛋白中差异较大区域是preS1,而S区相对较保守,为抗HBV药物设计、基因工程疫苗改良和HBV的致病机制等的研究提供依据.

关键词：乙型肝炎病毒、大S蛋白、生物信息学

所属期刊栏目：9

分类号：R349.9(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：江西省教育厅科技项目GJJ12069

在线出版日期：2013-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：246-251