病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

摘要：

目的:评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）全基因组测序准确性的影响，为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法:提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理，同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证，通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果:病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量，病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响：当Ct值≤32时，病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著，能够达到全基因组测序目的；当Ct达到38时，覆盖率急剧下降至50%以下，无法测到病毒的基因组全长。结论:通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响，我们建议选取Ct值≤32的样本，产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。

关键词：新型冠状病毒、病毒载量、高通量测序、数据分析、日常监测

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资助基金：科技部重点研发项目2023YFC0872400;北京市科技计划项目Z231100004823002;National Key Research and Development Project of China2023YFC0872400;Beijing Science and Technology Planning Project of Beijing Science and Technology CommissionZ231100004823002

在线出版日期：2024-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：291-295