2022年北京市新型冠状病毒分支BA.5.2的流行特征与基因组学特征分析

摘要：

目的:了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征，为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法:收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本，过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序，测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果:截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列，其中BA.5.2占比12.22%，与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点，其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个；常见缺失位点有ORF1a基因的3 675~3 677位、ORF9b基因的27~29位和S基因的69~70位等；未发现插入变异。系统发育分析显示，北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支，与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论:北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传播疫情共同构成，进化树存在多个进化分支并且存在高达271个氨基酸突变位点。加强对新冠病毒感染等呼吸道传染病的常规监测和全基因组测序，及时了解北京市新冠流行毒株的变化，为及时调整疾病防控策略提供指引。

关键词：新冠病毒感染、日常监测、高通量测序、系统发育分析、突变

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资助基金：北京市科技计划项目Z211100002521019;Beijing Science and Technology Planning ProjectZ211100002521019

在线出版日期：2023-07-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：233-238