H7N9禽流感病毒全基因组密码子偏好性分析

摘要：

目的:分析2013—2020年人感染H7N9禽流感密码子使用偏好及其影响因素。方法:通过NCBI数据库获得病毒全基因组序列，使用CodonW、EMBOSS、R、Origin 9.0、SPSS 20.0等软件分析病毒的碱基构成、密码子偏好性参数等。结果:H7N9病毒全基因组AU含量高于GC，且AU多出现在密码子末位。2013—2020年AU含量逐渐升高，而GC含量逐渐降低。病毒有效密码子数在48.71~56.17之间，提示病毒密码子使用偏性总体较弱。有效密码子数绘图和密码子适应指数分析显示病毒密码子使用偏好受自然选择和突变压力双重影响，自然选择因素更为明显。结论:人感染H7N9禽流感病毒密码子使用偏好仍处在不断适应人类宿主的演化过程中，第五波疫情及后续毒株与既往毒株相比存在更加适应宿主的变化。

关键词：禽流感、流感病毒、密码子偏爱性、聚类分析

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资助基金：首都卫生科研发展专项2018-1-1012;国家自然科学基金项目81601851;The Special Project of Capital Health Research and Development2018-1-1012;National Natural Science Foundation of China81601851

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：205-209