我国首起新型冠状病毒英国变异株类似株相关聚集性疫情病毒全基因组特征分析

摘要：

目的:分析2021年1月北京市某区一起新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组特征及变异情况，为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情相关呼吸道样本和外环境样本26份，使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析，对基因组数据拼接整理后进行一致性分析、变异位点分析及系统发生分析。结果:共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列26条。26条病毒基因组之间高度一致，与参考株基因组（NC_045512）相比，核苷酸序列一致性中位数为99.896%，氨基酸序列一致性中位数为99.733%。26例病毒属于GR分支，共存在33个核苷酸突变位点，分布在ORF1ab、S、ORF8和N基因上，对应27个氨基酸突变位点，包括S蛋白69-70位缺失、N501Y、D614G等。病毒具有近期英国变异株（VOC 202012/01）的关键特征，属于英国变异株的类似株。结论:此次聚集性疫情为同一传播链，疫情病毒为境外输入的英国变异株的类似株。

关键词：新型冠状病毒、基因组、系统发育分析、变异

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资助基金：国家重点研发计划，HCoV-19人群传播基因变异规律研究No. 2020YFC0840800;国家自然科学基金项目，新型冠状病毒无症状感染的流行病学研究-华北82041027;The Research on Genetic Evolution of HCoV-19 in Human Transmission, National Key Research and Development ProjectNo. 2020YFC0840800;Epidemiological Research on Asymtomatic Infecions of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2, National Natural Science Foundation of ChinaNo. 82041027

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：182-186