纳米孔测序技术在腺病毒疫情中实时检测应用研究

摘要：

目的 研究纳米孔测序技术在2019年2月河北省某市一起腺病毒疫情检测中的应用情况,并对不同样本处理结果进行描述和分析.方法 随机选择重症、轻症病例鼻咽拭子各16份,混合富集后通过MinION测序仪直接测序.采用实时荧光PCR方法检测腺病毒,进一步应用MinION对Ct值最低的单个腺病毒阳性样本进行直接测序.结果 8例重症、15例轻症病例荧光PCR检测为腺病毒阳性.MinION测序分别在14 min和22 min检测到混合样本和单个样本中7型腺病毒序列,两者3h内产生测序数据基本覆盖腺病毒参考基因组.系统发育分析发现疫情毒株与北京一株毒株具有共同遗传来源.结论 纳米孔测序技术可以快速检测疫情感染腺病毒并获得基因组序列,为MinION在新突发、未知或变异病原的检测应用提供了重要参考.

关键词：7型腺病毒、纳米孔测序技术、掌上测序仪

所属期刊栏目：26

资助基金：国家科技重大专项课题2018ZX10305410-004;北京市科技新星计划Z181100006218110The National Major Science and Technology Project2018ZX10305410-004;Beijing Nova1 ProgramZ181100006218110

在线出版日期：2019-05-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：101-104