应用sheⅡ脚本批量分析肠道病毒Sanger测序结果

摘要：

目的 编写shell脚本,批量完成柯萨奇病毒等肠道病毒Sanger测序结果的数据处理和比对分析,并为后续工作准备数据文件.方法 选择已完成手工分析的柯萨奇病毒等肠道病毒VP1基因测序文件,编写shell脚本模拟手工分析程序,顺序使用phred、phd2fasta和phrap等三个软件和单机版NCBI-BLAST软件可完成从碱基识别至序列比对的全部工作.比对结束后使用Linux命令筛选信息,生成样本和匹配的序列名称文件、基因型以及用于后续分析的序列文件.使用MEGA 6.0软件比较手工分析得到的序列与shel脚本计算得到的序列之间的相似性,评价shell脚本分析的可靠性.结果 使用shell脚本可完成所有功能.Shell脚本计算和手工分析的比对结果完全符合.结论 shell脚本分析缩短了测序结果分析中重复工作耗费的时间,使研究人员可更加专注于序列后续分析.

关键词：Shell脚本、Sanger测序、手足口病、肠道病毒

所属期刊栏目：26

资助基金：北京市自然科学基金青年项目7164240Youth Project of Beijing Municipal Natural Science Foundation 7164240

在线出版日期：2019-04-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：45-49