枣类甜蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

摘要：

[目的]从枣全基因组中鉴定类甜蛋白(thaumatin like protein,TLP)基因,为枣TLP基因的功能研究与利用提供参考.[方法]通过生物信息学方法从枣基因组数据库中鉴定TLP基因家族成员,并对基因结构、进化、启动子区顺式作用元件和密码子使用性等进行分析.[结果]共鉴定到34个枣TLP基因,位于9条染色体上,分为4种结构类型,基因结构相对较简单;系统发育进化分析归为9个聚类组,其中聚类组5和聚类组6中的成员最多;基因启动子区发现多个与增强基因表达、激素响应和胁迫响应相关的元件;基因密码子使用偏性弱,基因进化主要受碱基突变的影响.[结论]枣基因组中含有34个TLP基因家族成员,数量相对偏少;在植物生长、果实发育和抵御胁迫过程中发挥作用;进化过程中主要受突变选择压力影响.该研究为TLP基因家族的功能分析和遗传育种应用提供了参考和借鉴.

关键词：枣、类甜蛋白、生物信息学、密码子使用性

所属期刊栏目：35

分类号：S665.1(果树园艺)

资助基金：国家自然科学基金31460179、31760103;云南省地方本科高校基础研究联合专项2017FH001-034

在线出版日期：2018-06-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：393-401