榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发
[目的]基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis ‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础.[方法]利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增.[结果]在22 976条评估数目中,包含SSR位点5458个,共鉴定出6种类型的SSR.单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9％、18.56％和14.77％.对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6.[结论]榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物.所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择.
榧树、转录组、SSR
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S664.5(果树园艺)
林业公益性行业科研专项201504708;浙江省团队科技特派员服务计划项目浙科发农[2013]215-122;浙江省科技计划项目2012C22095;浙江省农业新品种选育重大科技专项2016C02052-12
2017-11-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共8页
1258-1265
