基于转录组的唐古特白刺密码子偏好性分析

摘要：

通过分析唐古特白剌转录组测序数据,从中筛选出28614条高质量序列为研究对象,利用Codo-nW、Excel等软件分析密码子偏好性使用规律.结果 表明:唐古特白剌有效密码子数值分布在23.71-61之间,小于35的有94条,密码子的偏好性较弱,GC3s的平均含量为37.53％,说明唐古特白刺密码子第3位主要以A、T结尾.中性绘图、ENc-GC3s分析、偏倚分析结果表明,唐古特白刺转录组密码子偏好性主要受突变压力的影响;以ENc值和RSCU值为参考标准,最终确定28个高频密码子(RSCU＞1),其中以AU结尾的有25个,以G结尾的有3个,10个最优密码子中,9个以AU结尾,说明唐古特白刺转录组偏好以A/U结尾的密码子.经过对25种植物最优密码子的偏好性分析,真菌类以G/C结尾,双子叶植物多数以A/U结尾,密码子偏好性没有明显的规律性;15种植物的叶绿体基因组最优密码子的GC3s数值在27-29之间,均以A/U结尾,呈现明显选择限制.研究结果为深入了解白刺转录组编码序列的碱基含量、密码子偏向性等基因序列特征提供信息,为有效的利用野生唐古特白刺资源提供理论基础.

关键词：唐古特白刺;转录组;密码子使用模式;高频密码子

所属期刊栏目：35

分类号：Q943(植物学)

资助基金：国家重点研发计划;青海省财政支农资金林业新技术推广项目;海东河湟新区国家科技资源支撑型双创特色载体第一批特色科技项目

在线出版日期：2021-12-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：163-170