利用选择性清除方法鉴别影响太湖猪(二花脸、梅山猪)及野猪产仔数差异的SNP位点

摘要：

母猪的繁殖性状是一个重要的经济性状,它由一系列主效基因或数量性状位点(Quantitative trait locus,QTLs)控制.产仔数是母猪繁殖性状中最重要的考量指标之一,找到影响产仔数的基因或标记有重要的经济及科研价值.针对猪60K SNP芯片扫描结果,采用Genepop软件检测太湖猪(二花脸、梅山猪)及野猪每个SNP位点的遗传分化系数(Fst值),鉴别与产仔数相关的SNP位点.按照0.025％比例的原则挑选遗传分化系数最大的SNP位点,并将其所在基因及物理位置临近的2个基因提交到DAVID数据库进行GO (Gene Ontology)和KEGG (KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes)分析.结果显示,关于猪产仔数最强的2个选择性清除信号位于猪8号染色体(SSC8)和13号染色体(SSC13)上.其中SSC13中检测到的2个SNP位点均位于IQCJ-SCHIP1基因内.SSC8上的SNP位点位于NR3C2基因内,可能为新发现的SNP位点.经KEGG分析,有2个基因位于赖氨酸合成通路中.结果表明,利用选择性清除的方法,选择高产太湖猪、低产野猪这两个极端群体来鉴别影响产仔数的SNP位点,发现了新的SNP位点.IQCJ-SCHIP1、NR3C2基因及位于赖氨酸通路中的功能基因可能是影响母猪产仔数的候选基因.

关键词：猪、产仔数、数量性状位点、遗传分化系数、信息通路

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分类号：S813(普通畜牧学)

资助基金：广东省科技计划项目2011B020305003,2011B060400029,2012B020418001;清远市科技计划项目2012C011202019;英德市科技计划项目英科字[2013]29号

在线出版日期：2014-09-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：100-106