基于生物信息学分析核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白6在肝癌预后中的作用

摘要：

目的:通过生物信息学分析Nod样受体pyrin结构域蛋白6(Nod-like receptor pyrin domain-containing protein 6,NLRP6)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达模式、生物学功能和免疫细胞浸润关系.方法:利用癌症和肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)、国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)、基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库及TIMER 2.0数据库、HCCDB数据库、人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas,HPA)数据库、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库分析NLRP6在HCC中的表达模式、临床预后价值.通过Enrichr数据库分析NLRP6的生物学功能.分析NLRP6表达与HCC免疫细胞浸润关系.此外,基于NLRP6表达构建Nomogram模型预测HCC患者预后.结果:NLRP6表达在多种类型肿瘤(包括HCC)中下调(P<0.05),其低表达与HCC不良预后相关(P<0.05).京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,EGGK)信号通路和基因本体论(gene ontology,GO)分析结果揭示,NLRP6参与炎症-免疫调节反应,包括原发性免疫缺陷、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Th1和Th2细胞分化等信号通路.NLRP6表达与B细胞(r=-0.202)、CD4+T细胞(r=-0.207)、CD8+T细胞(r=0.153)、中性粒细胞(r=0.201)、巨噬细胞(r=-0.133)和髓树突状细胞(r=-0.245)浸润丰度显著相关;高中性粒细胞浸润丰度与HCC患者更差生存预后相关(P<0.05).基于NLRP6表达、年龄和TNM分期的Nomogram模型能有效预测HCC患者1年、3年及5年总生存率,提供显著临床净收益.结论:NLRP6可能参与HCC发病机制,与炎症-免疫调节及免疫细胞浸润相关.基于NLRP6表达的Nomogram模型能有效预测HCC患者预后,为临床医师治疗HCC提供新的思路.

关键词：Nod样受体pyrin结构域蛋白6、肝细胞癌、预后、免疫细胞浸润

所属期刊栏目：9

分类号：R773;R392;S855.3

资助基金：张家口市科技计划自筹经费项目;河北省卫生厅科研基金项目

在线出版日期：2022-07-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：13-22