白毛银露梅叶绿体全基因组密码子偏好性分析

摘要：

为了明确白毛银露梅叶绿体基因组密码子的使用偏好性,筛选出53条叶绿体蛋白编码基因(CDS)作为分析对象,使用CodonW软件计算GC1、GC2、GC3、ENC、CAI等参数,并进行中性绘图分析,ENC-plot及PR2-plot分析.结果表明,白毛银露梅不同区段GC平均含量为:GC1(47.02％)＞GC2(39.55％)＞GC3(28.95％),说明GC含量在不同位置的分布不均匀;RSCU值大于1的密码子有28个,其中以A/U结尾的为27个,表明该物种叶绿体基因组密码子偏好以A/U结尾;ENC平均值为48.10,CAI平均值为0.17,表明密码子偏好性较弱;ENC-plot分析及PR2-plot分析表明该物种密码子使用偏好同时受自然选择和突变压力的影响,最终筛选出来13个最优密码子,均以A/U结尾.研究结果可为白毛银露梅叶绿体基因工程研究及委陵菜属植物进化关系、亲缘关系研究提供理论依据.

关键词：白毛银露梅(Potentilla glabra var.mandshurica)、叶绿体基因组、密码子偏好性、最优密码子

所属期刊栏目：20

分类号：S567.23+9;R282.71;Q949.751.8

资助基金：医疗服务与保障能力提升补助资金项目;陕西省大学生创新训练项目

在线出版日期：2022-04-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1095-1103