枇杷花转录组SSR位点信息分析
通过对枇杷花转录组数据的分析,开发新的枇杷分子标记,为研究枇杷的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据.本研究采用MIcroSAtellite (MISA)和Blast2GO对无冗余Unigene进行SSR搜索、筛选、识别及富集分析,并采用Primer 3进行SSR引物设计.搜索发现44622个SSR位点分布于28617个Unigene中,SSR位点出现的频率为47.51％,平均分布距离为4.87 kb.单核苷酸和二核苷酸重复是枇杷花转录组中SSR的主要重复类型,分别占总SSR的52.09％和32.83％;优势重复基元为A/T和AG/CT,分别占单核苷酸的50.94％和二核苷酸的26.70％,65.79％的基序长度集中在12～20 bp.基因GO功能分类表明,含有SSR位点的28617个枇杷花转录组基因被富集到3个Ontology类别的51个GO Term中,Biological process涉及的GO Term最多,有21个.成功设计34301对SSR序列引物,成功率为76.87％.通过分析表明,枇杷花转录组SSR位点出现频率高、分布密度大,具有良好的多态性潜能,能提供丰富的重复类型,可为研究枇杷的数量性状基因座定位、分子标记辅助育种、基因组进化、遗传多样性研究等提供科学依据.
枇杷(Eriobotrya);花;转录组;SSR;引物设计
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本研究由国家自然科学基金地区项目31460510
2021-11-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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