三色堇酪氨酸脱羧酶基因的克隆及其生物信息学分析

摘要：

本研究以三色堇(Viola×wittrockiana Gain)为研究材料,采用RT-PCR和RACE等方法克隆可能与其花色形成相关的酪氨酸脱羧酶基因(Tyrosine decarboxylase),并对基因全长进行氨基酸序列的生物信息学分析.结果从三色堇中分离克隆出cDNA全长为1634bp的TYDC1和1575bp的TYDC2两个同源基因,包含相同的且长度为1485bp,编码494个氨基酸的开放阅读框;氨基酸多重序列比对和聚类分析结果表明:三色堇中的TYDC基因编码氨基酸和其他植物相关基因的一致性可达到82.43％,且与麻疯树的亲缘关系较近,达到73％;对TYDC蛋白的结构进行预测发现,TYDC蛋白是一种亲水性的不稳定蛋白,也是一种存在跨膜区域且不存在信号肽的非分泌蛋白;通过亚细胞定位预测分析表明该蛋白主要在细胞核和细胞质中表达.本研究为揭示三色堇TYDC蛋白的结构功能务实了基础,为进一步研究和验证该基因在三色堇中的表达提供理论依据.

关键词：三色堇酪氨酸脱羧酶(TYDC)、基因克隆、生物信息学

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分类号：TS207.4;TP391.4;Q51

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;海南大学中西部计划学科建设项目

在线出版日期：2017-01-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：3002-3010