三种常用亲本分析软件效率的比较——以鹅掌楸属树种控制授粉子代亲本分析为例

摘要：

在亲本分析中,常用基于最大似然法的软件(如CERVUS, COLONY和PAPA)进行亲本推定,但不同软件各有其特点,其分析结果与亲本推定效率有时相差较大.为比较三种常用亲本分析软件(CERVUS3.0, COLONY2.0和PAPA2.0)的效率及特点,本文以包含278个鹅掌楸潜在亲本及90个鹅掌楸已知亲本的子代群体为材料,利用13对EST-SSR位点信息,分析子代亲本并与其真实亲本进行对照,进而评价三种亲本分析软件的效率,期望为林木亲本分析软件选择提供参考.研究结果表明,13个SSR位点在实验群体中检测出的等位基因数(A)、观测杂合度(Ho)及Shannon多样性指数(I)平均值分别为5.23,0.4766和1.4636,表明该批引物多态性高,适合用于亲本分析.就亲本分析效率而言,总体上看,谱系清楚的子代远高于谱系不清的子代,单亲分析远高于双亲分析.三种软件的分析效率及特点各有差别.对于谱系不清的林下更新子代苗木,双亲分析时,三种软件的分析效率差别不大.但单亲分析时,CERVUS与COLONY软件分析效率较高,其亲本推定的准确率分别为78.87%和69.90%,高于PAPA软件的分析效率.而对于谱系清楚的控制授粉子代,双亲分析时,采用PAPA软件对异交子代亲本推定准确率为34.72%,高于CERVUS及COLONY软件;而CERVUS与COLONY软件则适合于自交子代的亲本分析,其亲本推定的准确率分别可达83.33%及81.2%,远高于PAPA软件.

关键词：亲本分析、CERVUS、COLONY、PAPA、效率、鹅掌楸属

在线出版日期：2013-04-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：241-248