基于ceRNA调节网络结直肠癌预后关键基因的筛选与分析

摘要：

目的 本研究利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分别构建结肠癌和直肠癌的lncRNA?miRNA?mRNA的ceRNA调控网络,寻找网络中与患者总体生存率相关的基因,为结直肠癌提供新型预后分子标志物.方法 在TCGA数据库分别下载结肠癌和直肠癌的原始转录组测序数据和临床数据,利用R 4.0.4软件的edgeR程序包进行差异基因的分析.根据差异基因靶向调控关系,构建lncRNA?miRNA?mRNA调节网络.利用Cytoscape 3.7.1软件绘制网络调节图.结合患者的临床资料,利用Survival程序包寻找调控网络中与患者总体生存率相关的基因.结果 在结肠癌的ceRNA网络中,共涉及29个miRNA、128个lncRNA和53个mRNA,有9个lncRNA(AC002511.1、AL590483.1、AP004609.1、GAS6?AS1、HOTAIR、ITCH?IT1、KCNQ1OT1、LINC00491、PVT1),4个mRNA(FJX1、SERPINE1、TPM2、ULBP2),4个miRNA(miR?145、miR?193b、miR?216a、miR?375)与患者预后相关(P<0.05).而在直肠癌的ceRNA网络中,共包括19个miRNA、23个lncRNA以及66个mRNA.只有1个mRNA(SALL4)和1个miRNA(miR?107)与患者预后相关(P<0.05).结论 成功构建了结肠癌和直肠癌的ceRNA调控网络,并分别寻找到了潜在的预后关键基因.

关键词：TCGA、结直肠癌、ceRNA、预后标志物

所属期刊栏目：15

分类号：R735.35;R34;S828.2

资助基金：国家自然科学基金;湖北省医学青年后备人才青年拔尖人才HB20200409;湖北省卫生和计划生育委员会联合基金项目;湖北省卫生健康科研基金;武汉市应用基础研究;武汉大学医学部教学研究项目;武汉大学中南医院科技创新培育基金;武汉大学中南医院科技创新培育基金;武汉大学大学生创新项目;武汉大学大学生创新项目

在线出版日期：2023-05-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：378-382