基于等质量肽段末端标记策略的质谱鉴定新算法

摘要：

等质量肽段末端标记(Isobaric peptide termini labeling,IPTL)是一种使用轻、重同位素分别对肽段的C端和N端进行等重标记的技术.在对使用这种标记技术得到的数据进行一级谱分析时,由于肽段的质量相同,不会增加样本的复杂性,而在处理二级谱的数据时,可利用成对的b、y离子进行分析.本研究利用IPTL方法得到的实验数据设计了一种新的打分算法:全部离子打分算法(All ions scoring algorithm,AISA).AISA在对数据进行处理时,可以同时得到定性和定量信息.在Q-Exactive HeLa和Human-HCC-HL数据集上的蛋白定量覆盖率分别达到99%和100%.在Q-Exactive HeLa 2D RPLC数据集上,AISA算法鉴定到的PSM、唯一肽段和蛋白质分别比Morpheus高15%、26%和22%.在Human-HCC-HL数据集上,AISA算法鉴定到的PSM、唯一肽段和蛋白质分别比Morpheus高24%、39%和27%.在Q-Exactive HeLa和Human-HCC-HL数据集上蛋白质定量比值的平均值非常接近1,分别为1.18和0.90;在0.5~2.0区间内的定量比值分别为91%和94%.

关键词：蛋白质组学、等重标记、蛋白质鉴定

所属期刊栏目：45

分类号：R28;R54

资助基金：国家重大科学仪器设备开发专项基金No. 2012YQ04014005项目资助This work was supported by the National Major Scientific Instruments and Equipments Special Project 2012YQ04014005

在线出版日期：2017-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1441-1447